Izvorno, riječ holokaust označava žrtvu paljenicu pri kojoj se spaljuje cijela životinja. Danas je međutim u cijelom svijetu ta riječ uobičajeno ime za genocid nad Židovima, te u širem značenju i sustavno istrebljivanje drugih grupa za vrijeme nacističkog režima u Njemačkoj. Holokaust obuhvaća također i genocid nad Romima, te sustavno uništavanje drugih grupa koje je nacistički režim provodio: homoseksualaca, duševnih bolesnika, političkih protivnika, poljskih i sovjetskih ratnih zarobljenika, Jehovnih svjedoka itd.

Ubrzo nakon preuzimanja vlasti u Njemačkoj, nacisti počinju ostvarivanje jednog od svojih najvažnijih programskih ciljeva: iskorijeniti svaki utjecaj Židova u njemačkoj politici, ekonomiji i kulturi. Antižidovska kampanja pokrenuta je preko radija i novina, a u svim školama i na fakultetima uvedeno je "učenje o rasama" kao obavezni predmet. Donesen je niz antižidovskih propisa, koji kulminiraju proglašenjem Nürnberških zakona kojima Židovi gube njemačko državljanstvo te ne smiju obavljati nikakvu javnu službu (što pogađa sve znanstvenike, profesore, liječnike, odvjetnike, novinare itd.), njihova djeca ne smiju pohađati javne škole; zabranjen je boravak Židova na javnim mjestima (parkovi, knjižnice, muzeji idr); zabranjeno je sklapanje braka između Arijaca i Židova; zabranjeno je zapošljavanje Arijaca u kućanstvima Židova, itd.

Židovi su smješteni u posebne izolirane dijelove gradova (geta), od kojih je najveći bio u Varšavi. U jesen 1941. počela je realizacija plana da se svi Židovi iz Njemačke i zaposjednutih područja srednje i zapadne Europe deportiraju na istok. Židovi su prikupljani i transportirani vlakom u stočnim vagonima; tisuće su pritom umrle.

Uspjeh vojnog pohoda na SSSR potakao je naciste na odluku da se provede "konačno rješenje židovskog pitanja", tj. fizička likvidacija svih Židova u Europi. Svim državnim službama bilo je naređeno da sudjeluju u istrebljenju. Određeno je da svi nesposobni za rad trebaju biti odmah ubijeni, a drugi odvedeni na prisilni rad u minimalnim životnim uvjetima sve dok ne umru od iscrpljenosti. Kao oblik masovnih likvidacija naređeno je ubijanje plinom i strijeljanje.

Na temelju te odluke osnovani su posebni koncentracijski logori te logori smrti. Dok su u koncentracijskim (sabirnim) logorima zatvorenici radili, jedina funkcija logora smrti je bilo sustavno istrebljivanje zatvorenika. Logori smrti osnivani su ponajviše na području okupirane Poljske - najveći su bili Auschwitz, Birkenau i Treblinka.

Dio deportiranih, najčešće žene, djeca i starci pri dolasku u logore je odmah ubijen, dok je dio privremeno ostavljen na životu kao robovska radna snaga; dio bi umro od iscrpljenosti, a ostali su kasnije također ubijeni. U prvo su vrijeme žrtve ubijane pomoću ispušnih plinova kamiona u vožnji. Kasnije je masovno ubijanje usavršeno brzodjelujućim plinom ciklon-B. Pomoću ovog plina organizirano je masovno ubijanje u željezničkim vagonima ili u prostorijama kamufliranim kao kupaonice s tuševima. To je omogućavalo da se prevarene žrtve same svuku pa su im tako oduzete i odjeća i razne sitnice koje su još posjedovali. Nakon smrti, prije bacanja u peći za spaljivanje, čupani su zlatni zubi. Od zubnih proteza, nakita i prstenja dobiveno je 17 tona zlata.

Holokaust je predstavljao veliki šok za tadašnju zapadnu civilizaciju. Mnogi su se teško mirili s time da je ubijanje u takvom opsegu i s takvom razinom bešćutnosti moguće u 20.stoljeću, pogotovo kada dolazi od strane tako napredne i civilizirane države kao što je Njemačka. Još se teže bilo pomiriti s činjenicom da su u svrhu tog projekta korištena najmodernija dostignuća znanosti.

Holokaust je iza sebe ostavio trajne posljedice. Računa se da je u njemu ubijeno gotovo 6 milijuna Židova, odnosno trećina svih Židova koji su prije rata živjeli u svijetu. Demografska slika u Europi se bitno promijenila, pogotovo u istočnoj i srednjoj Europi, gdje su židovske zajednice prestale postojati. Romi su druga grupa koja je bila objekt genocida. Broj njihovih žrtava teško je procijeniti: iznose se brojke između 220.000 i 800.000. Sa svim drugim grupama koje su sustavno istrebljivane, broj žrtava holokausta obično se procjenjuje na devet do 11 milijuna, iako neke procjene idu i do 26 milijuna ljudi.